摩托车驾驶证被扣12分后，驾驶人需要按照以下步骤处理：
停止驾驶
被扣满12分后，驾驶人需要立即停止驾驶摩托车，否则将面临行政处罚。
学习培训
驾驶人需要参加由交通管理部门认可的摩托车驾驶培训课程，以便重新获取驾驶资格。
补考科目
在完成学习培训后，驾驶人需要参加交通管理部门组织的补考科目考试。考试合格后，部分驾驶分数将被恢复。
缴纳罚款
驾驶人需要携带身份证、驾驶证、行驶证到违法行为地或车辆登记地的交警队缴纳罚款，或者按照罚单上的提示到相应银行缴纳罚款。
参加安全警示教育学习
根据交警的通知，驾驶人需要参加为期7天的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。
重新参加考试
学习结束后，驾驶人需要重新参加科目一考试。考试合格后，记分将被清除，并发还机动车驾驶证。
注销实习期驾照
如果摩托车驾照在实习期内被扣满12分，驾照将注销作废。
建议驾驶人尽快按照以上步骤处理，以免影响驾驶资格和交通安全。
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